（1）QuadCounty玉米合作項目將改進(jìn)現(xiàn)有的玉米淀粉乙醇植物以增加其副產(chǎn)品的價值，并促進(jìn)建設(shè)多樣化的產(chǎn)品生產(chǎn)線，開發(fā)新市場，實現(xiàn)環(huán)保署有關(guān)纖維素乙醇生產(chǎn)和使用的目標(biāo)。
（2）農(nóng)業(yè)研究局國家農(nóng)業(yè)利用研究中心將利用重組自交系優(yōu)化油菜籽、芥菜籽和亞麻薺油料作物的油質(zhì)和產(chǎn)量，并利用遙感和作物模擬方法改進(jìn)生產(chǎn)策略，將這些作物納入美國西部四個生態(tài)區(qū)現(xiàn)有的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體系。生產(chǎn)的油將經(jīng)過氫化處理加工成生物柴油和航空燃油。
（3）Cooper輪胎和橡膠公司將利用基因組測序和分子標(biāo)記技術(shù)優(yōu)化銀菊膠的生產(chǎn)和質(zhì)量。開割的橡膠將用于生產(chǎn)輪胎，剩余的植物殘留經(jīng)評價后將用于生產(chǎn)生物燃料或用作航空燃料的原料。
（4）威斯康星大學(xué)將利用牛糞作為纖維（可用來生產(chǎn)乙醇）和肥料的來源，目的是開發(fā)有利于環(huán)境的新產(chǎn)品生產(chǎn)線的封閉循環(huán)系統(tǒng)。
（5）夏威夷大學(xué)將優(yōu)化象草、能源甘蔗、糖甘蔗以及甜高粱的生產(chǎn)，提高其產(chǎn)量和優(yōu)化預(yù)加工，以滿足向航空燃油和柴油的生物轉(zhuǎn)化。
生物質(zhì)基因組研究計劃共有9個項目（1150萬美元），旨在利用基因組學(xué)技術(shù)改良具有發(fā)展前景的生物能源原料，利用遺傳繪圖方法分析和尋找有關(guān)持久性、耐環(huán)境脅迫能力以及發(fā)展?jié)摿Φ倪z傳性狀。具體包括：尋找影響楊樹生物質(zhì)產(chǎn)量和質(zhì)量的功能基因及分析相關(guān)基因和等位基因的特征；分析低地生態(tài)型和高原生態(tài)型柳葉稷耐非生物脅迫基因網(wǎng)絡(luò)的差別；白楊的相互作用組研究，包括在整個基因組鑒定與非生物脅迫抗性及生物燃料相關(guān)的功能基因網(wǎng)絡(luò)和次級網(wǎng)絡(luò)；黍草生物燃料相關(guān)性狀的遺傳學(xué)研究，利用二倍體Panicumhallii建立模式系統(tǒng)；生物能源草結(jié)構(gòu)的基因組學(xué)研究；利用嵌套聯(lián)合作圖群體分析柳葉稷有關(guān)產(chǎn)量和質(zhì)量性狀的自然等位基因變化；利用高通量、田間表型技術(shù)鑒定大豆生物質(zhì)產(chǎn)量組成性狀的遺傳結(jié)構(gòu)；分析高產(chǎn)量多倍體雜交柳樹雜交優(yōu)勢的遺傳基礎(chǔ)；微管蛋白修飾對楊樹木質(zhì)形成和耐脅迫（水利用）的雙重效應(yīng)。
